Haploskupina je skupina haplotypů, což jsou kombinace alel odkazujících na různá místa daného chromozómu.
V genetice se zkoumají především haploskupiny chromozómu Y a mitochondriální DNA, které lze využít k analýze vývoje populací. Zatímco Y-DNA se přenáší výhradně v otcovské linii, mtDNA naopak výhradně v linii mateřské.
Kategorizace lidských haploskupin vychází z genetických markerů.